Возглавляет институт академик РАСХН Пивоваров Виктор Федорович.

Руководство институтом осуществляется через компактный и эффективный административно-управленческий аппарат, в который входят следующие службы и подразделения: собственно сам аппарат управления – дирекция института, отдел кадров, бухгалтерия и планово-экономический отдел.

В институте работает постоянно действующий Ученый Совет, который координирует и направляет научно-исследовательскую и научно-производственную работу ВНИИССОК.

Научный потенциал института составляют 118 сотрудников, из них - 19 докторов наук, 1 академик и 1 член-корреспондент, 12 профессоров, 65 кандидатов наук, которые успешно продолжают традиции своих предшественников в развитии селекционно-семеноводческой науки.

Это ведущие ученые: Пивоваров В.Ф., Тимин Н.И., Добруцкая Е.Г., Балашова Н.Н., Балашова И.Т., Гинс В.К., Кононков П.Ф.; Шмыкова Н.А., Павлов Л.В., Мамедов М.И., Пышная О.Н., Федорова М.И., Старцев В.И., Надежкин С.М., Агафонов А.Ф., Кушнерева В.П., Сирота С.М., Харченко В.А., Циганок Н.С. и другие.

Заседание дирекции института ведет
академик Пивоваров В.Ф.