Ученый совет является основным координирующим органом научной и научно-производственной деятельности института. Возглавляет Ученый совет директор института, академик РАСХН, доктор сельскохозяйственных наук, профессор В.Ф. Пивоваров.

Его заместителем является руководитель отделения фундаментальных и прикладных исследований доктор сельскохозяйственных наук О.Н. Пышная, ученым секретарем - кандидат сельскохозяйственных наук Л.К. Гуркина. Состав Ученого совета утверждается Президиумом Российской академии сельскохозяйственных наук. В настоящее время Ученый совет насчитывает 25 человек, в его состав входят руководители научных и опытно-производственных подразделений, ведущие ученые и специалисты института.

На заседаниях Ученого совета рассматриваются вопросы по основным направлениям научной и производственно-хозяйственной деятельности института, утверждаются планы научно-исследовательских работ, подготовки научных кадров, сотрудничества с другими научными учреждениями, материально-технического и финансового обеспечения выполняемых работ. Ученый совет заслушивает и утверждает отчеты о результатах научно-исследовательской деятельности ВНИИССОК, рассматривает структуру и кадровые вопросы, объединяет усилия всего научного коллектива на повышение эффективности использования достижений науки в сельскохозяйственном производстве.